Στα τέλη Δεκεμβρίου του 1907 ο αρχηγός Ιωάννης Γαρέζος αναδιοργάνωσε το σώμα του και ανέθεσε στους ντόπιους αρχηγούς καπετάν Στεφανή από τη Βέροια και τον καπετάν Αποστόλη από το Γιδά την αρχηγία δύο νέων μικρότερων ομάδων από 12-15 άντρες το καθένα. Κατόπιν τούτου στη λίμνη των Γιαννιτσών το 1908 υπήρχαν δύο ελληνικά σώματα που αποτελούνταν από ντόπιους άντρες. Το σώμα του καπετάν Αποστόλη Ματόπουλου με δεκαπέντε άνδρες, είχε περιοχή δράσης τα χωριά ανατολικά και νότια της λίμνης. Το σώμα του Γκόνου Γιώτα με δώδεκα άνδρες είχε περιοχή δράσης τα χωριά δυτικά και βόρεια της λίμνης. Με τα σώματα αυτά εξασφαλίστηκαν τα σημαντικά αποτελέσματα του αγώνα των προηγούμενων χρόνων.
Μετά το φόνο του στελέχους του Προξενείου Ασκητή στη Θεσσαλονίκη στις 23.2.1908 από τους Βούλγαρους, η ομάδα του Μαργαρόπουλου θέλησε να απαγάγει τον βούλγαρο πρόξενο, αλλά εμποδίσθηκε από τον Κορομηλά. Έτσι συνεννοήθηκε με το σώμα του καπετάν Αποστόλη Ματόπουλου και φόνευσαν στη Σπαλίτσα (ή Σπαΐτσα) της Βαλμάδας οκτώ βούλγαρους χωρικούς. Η βουλγαρική οργάνωση μετέφερε τις σωρούς τους στη Θεσσαλονίκη, όπου κηδεύτηκαν επιδεικτικά. Επίσης με τον καπετάν Αποστόλη πέτυχαν το φόνο του Αντωνίου, εξαρχικού προύχοντα των Γιαννιτσών. Από ελληνικό σώμα (μάλλον του καπετάν Αποστόλη Ματόπουλου) σκοτώθηκε ο Αργύρης, μουχτάρης του χωριού Σάριτσα.
Ο Αποστόλης ως αρχηγός του ανατολικού διαμερίσματος της λίμνης προσεταιρίσθηκε το σχισματικό χωριό Αραπλί (Μαγνησία Θεσσαλονίκης). Άρχισε να αξιοποιεί κατοίκους του ως οδηγούς και ετοίμαζε μεγάλη επιχείρηση εναντίον του, αλλά η τυχαία παρουσία στρατού ματαίωσε την επιχείρησή του. Επίσης μετά από προσπάθειες του αρχηγού Ματόπουλου «[…] οι ευάριθμοι Ουνίται Γιαντσίδας προσήλθον εις την πατριαρχικήν δικαιοδοσίαν υποβάλοντες τας προς τουτο απαιτουμένας αναφοράς. Διά της προσχωρήσεως ταύτης ολόκληρον το διαμέρισμα Ρουμλουκίου ή μάλλον το νοτίως της αμαξιτής οδού Γιαννιτσών – Θεσσαλονίκης τμήμα απαλάσσεται εντελώς παντός επικινδύνου ή οπωσδήποτε επιβλαβούς στοιχείου».
Όταν ο Ματόπουλος πληροφορήθηκε ότι σαράντα περίπου Βούλγαροι εργάζονταν στην κοπή χόρτων στα δημόσια λιβάδια που βρίσκονταν μία ώρα έξω από την Θεσσαλονίκη, κοντά στα αρτεσιανά φρέατα της πόλης, θεωρώντας ότι δεν είχαν δικαίωμα να εκμεταλλεύονται τα ελληνόφωνα διαμερίσματα, ούτε να καθιστούν επισφαλή τη συγκοινωνία στα ελληνόφωνα μέρη Κουλακιάς-Θεσσαλονίκης, στις 16.5.1908 (κατ’ άλλους στις 14.4.1908) πήγε υπό το φώς της ημέρας και σκότωσε οκτώ εργάτες και τον οθωμανό αγροφύλακα. Η αιφνίδια εμφάνιση του ελληνικού σώματος σκόρπισε τρόμο και στους φύλακες τούρκους στρατιώτες, που έφυγαν προς την πόλη μαζί με τους υπόλοιπους εργάτες, ρίχνοντας λίγους πυροβολισμούς στον αέρα. Ο Dakin έγραψε πως οι νεκροί στο Ντουντουλάρ (: Διαβατά Θεσσαλονίκης) ήταν δέκα. Ο αρχηγός Απ. Ματόπουλος κατακρίθηκε από το Προξενείο για αυτή την τόσο αιματηρή ενέργειά του, διότι θεωρήθηκε ότι μπορούσε με έναν ή δύο φόνους να πετύχει και την αποπομπή τους από το ελληνόφωνο διαμέρισμα και την αποκατάσταση των συγκοινωνιών, χωρίς να προκαλέσει τις έντονες διαμαρτυρίες των εξαρχικών και την οργή των Ευρωπαίων.
Μετά την επικράτηση του κινήματος των Νεότουρκων η εξαγγελία του συντάγματος, οι υποσχέσεις ισονομίας και γενικής αμνηστείας είχε καταλυτικές επιπτώσεις στο Μακεδονικό Αγώνα. Μέσα σε διάστημα λίγων ημερών οι αντιμαχόμενες πλευρές των χριστιανών άρχισαν να δηλώνουν ότι τερμάτιζαν τον ένοπλο αγώνα. H 15/28η Ιουλίου 1908, ημέρα Τρίτη, είχε κηρυχθεί από το Οθωμανικό Κομιτάτο ως «ημέρα συμφιλίωσης». Οι Νεότουρκοι κάλεσαν τα ανταρτικά σώματα της Μακεδονίας να προσέλθουν στις πόλεις και τις τοπικές επιτροπές να οργανώσουν την υποδοχή τους. Οι κεντρικές πανηγυρικές εκδηλώσεις για τη συμφιλίωση των εθνοτήτων θα γίνονταν στη Θεσσαλονίκη. Από την ελληνική πλευρά πρώτος, χωρίς επίσημη εντολή, βγήκε από το Βάλτο ο ντόπιος οπλαρχηγός Αποστόλης Ματόπουλος, ο οποίος αμέσως πήγε στο Γιδά όπου τον υποδέχθηκε οθωμανικό στρατιωτικό απόσπασμα στη βορειοδυτική είσοδο του χωριού, στα «γεφυρούδια». Σύμφωνα με μαρτυρία του Διονύσιου Πανταζόπουλου «[…] Ο πατέραζουμ μ’ήλιγιν όταν παρέδουσιν ο καπετάν Πουστόλτς τα όπλα, ιδώ που λιέν τα γιφιρούδια στου Κέντρου Υγείας, ήρθαν οι Τούρκοι έκαναν χιαστί τα όπλα και [οι αντάρτες] προσκύν’τσαν κι πιρνούσαν από κάτ’ από τ’ς Τουρκαλάδις και παρέδουκαν τα όπλα. Έτσι παραδόθηκαν η ομάδα του καπετάν Αποστόλη […]» Βάσιμα μπορούμε να υποθέσουμε ότι κατά την υποδοχή του παραβρισκόταν και ο Χαλήλ μπέης. Από εκεί ο καπετάν Αποστόλης πήγε στο σιδηροδρομικό σταθμό, συνοδευόμενος από πέντε άοπλους οπαδούς του, επιβιβάσθηκε σε τραίνο [ώρα 16:34] και το απόγευμα της 15/28.7.1908 [ώρα 18:00] έφθασε στη Θεσσαλονίκη.
Στο σιδηροδρομικό σταθμό έγινε δεκτός από αξιωματικούς, στρατιωτική μπάντα που παιάνιζε τον ελληνικό εθνικό ύμνο και πλήθος κόσμου. Το Νεοτουρκικό Κομιτάτο παρέθεσε γεύμα προς τιμήν του στο ξενοδοχείο «Κολόμπο», όπου παρακάθησαν εβδομήντα περίπου αξιωματικοί και ορισμένοι βούλγαροι κομιτατζήδες. Κατά τη συνεστίαση αντηλλάγησαν πολλές προπόσεις υπέρ της αδελφοποίησης των λαών. Από εκεί, όλοι μαζί κατευθύνθηκαν στην πλατεία Ελευθερίας για τα καθιερωμένα. Επειδή ο Ματόπουλος παρουσιάσθηκε στη Θεσσαλονίκη χωρίς την πρότερη έγκριση του ελληνικού Προξενείου, υπήρξαν υποψίες ότι χρηματίσθηκε από το τουρκικό Κομιτάτο και συνεργάσθηκε στα κελεύσματά του. Ο άγγλος πρόξενος Lamb, που παρακολούθησε όλες τις εκδηλώσεις, στο τέλος της ημέρας έστειλε τηλεγράφημα, στο οποίο μεταξύ άλλων ανέφερε: «[…] Στην περίπτωση μάλιστα του Έλληνα Αποστόλη ήδη ακούστηκε ότι υπήρξε χρηματική αποζημίωση. […]».
Λίγο μετά τον Ματόπουλο έφθασε έκτακτη αμαξοστοιχία από τη Δοϊράνη με 600 ταξιδιώτες, Τούρκους, Έλληνες και Βούλγαρους, μαζί με τον μουφτή και το βούλγαρο αρχιμανδρίτη. Στη συνέχεια κατέφθασε αμαξοστοιχία από τις Σέρρες με τους Σαντάνσκι και Πανίτσα, οι οποίοι οδηγήθηκαν στο ξενοδοχείο «Αγγλία». Μετά το λόγο του Σαντάνσκι από το μπαλκόνι του ξενοδοχείου, πήρε το λόγο ο κομιτατζής Ιβανόφ, ο οποίος μίλησε πάνω σε άμαξα και απέδωσε τη δυστυχία της Μακεδονίας στην ιδιοτελή πολιτική των βαλκανικών κρατών. Μόλις κατέβηκε, έσπευσε να τον αγκαλιάσει ο Ματόπουλος μέσα σε ξέφρενες ζητωκραυγές του πλήθους.
